Les marqueurs sont des espèces de "compteurs" qui servent à garder trace des effets de certains Sorts ou Capacités durables. Utilisez ce que vous avez sous la main : pièces de monnaie, perles de verre, araignées mortes, etc.
Attention à ne pas confondre les marqueurs avec les Jetons, qui sont des objets servant à représenter des Permanents (le plus souvent des Créatures)

Les marqueurs sont placés sur des permanents (ou des cartes de sort en Suspension), et ils y restent tant que la carte ne change pas de zone, ou qu'un effet dise d'en retirer.

Si un permanent quitte le Champ de bataille, il perd les marqueurs qui étaient sur lui, car le jeu n'en garde pas la mémoire. Par exemple, si vous jouez un Scintillement momentané sur une Dryade quirionaise avec trois marqueurs sur elle, elle reviendra sans marqueurs. Ce n'est pas le cas d'un permanent qui passe hors phase (voir déphasage), puisque celui-ci ne quitte pas le champ de bataille. Il existe bien entendu une créature qui fait exception à la règle : Crânebruyère, la Tombe ambulante.

Les marqueurs sont de différents types, précisés par leur nom (entre guillemets sur les cartes en français) ou des chiffres. Par exemple un marqueur "spore" est tout à fait différent d'un marqueur "tête" ou d'un marqueur +1/+1. Pour vous faciliter la vie, utilisez des choses différentes pour représenter des marqueurs différents.

Les marqueurs les plus fréquents sont les marqueurs +1/+1 et les marqueurs -1/-1, qui ont pour effet de modifier la force et l'endurance d'une créature, du chiffre indiqué. Par exemple, un légionnaire gobelin ayant sur lui 2 marqueurs +1/+1 sera considéré comme une créature 4/4.
Depuis l'extension Spirale Temporelle, les règles concernant ces deux derniers types de marqueurs ont changé: si une créature porte sur elle un marqueur +1/+1 et un marqueur -1/-1, les deux marqueurs s'annulent et sont retirés de la créature. En effet, avant Time Spiral, bien que les effets des marqueurs s'annulaient, les marqueurs étaient bien là et pouvaient être retirés par exemple par un conduit d'alimentation. Une triskèle pouvait également utiliser sa capacité nécessitant de retirer des marqueurs +1/+1. Ce n'est maintenant plus le cas, puisqu'un marqueur +1/+1 fait disparaître un marqueur -1/-1 et vice versa... Ceci ne s'applique pas aux autres marqueurs (plus rares) modifiant la force et/ou l'endurance (un marqueur +1/+0 et un marqueur -1/-0 ne s'annulent pas et restent tous les deux sur le permanent, seuls leurs effets s'annulent)

Les autres types de marqueurs récurrent sont :
- les marqueurs "loyauté" des Planeswalkers
- les marqueurs "temps", utilisés par plusieurs Capacités du Bloc Spirale Temporelle, notamment la Suspension ou la Disparition.
- les marqueurs "âge" de l'Entretien cumulatif
- les marqueurs "sursis" de l'Evanescence
- les marqueurs "charge", que l'on retrouve notamment sur plusieurs Artefacts des blocs se passant sur Mirrodin, et qui servent en général à accumuler quelque chose.
- les marqueurs "poison" de l'Empoisonnement et de l'Infection
- les marqueurs "ki" que l'on trouve sur certaine flipcards de Kamigawa, et qui permettent d'inverser la carte.

Il est important de noter que, à l'exception des marqueurs "poison" (et dans une certaine mesure "loyauté") dont les effets sont décrits par les règles, un marqueur ne fait rien en soit, et a besoin d'une carte pour expliquer son fonctionnement. Par conséquent, si la carte en question quitte le Champ de bataille, la plupart du temps, le marqueur restera en place, mais sans effet (à moins qu'une autre carte y fasse référence.)
On peut également noté le caractère purement décoratif du marqueur "entrainement" du Sensei Queue-dorée, aucune capacité n'y étant rattachée (la capacité du Sensei continue à fonctionner même si le marqueur est retiré ou si le sensei quitte le champ de bataille)

La traduction française des règles a dit :

120. Marqueurs

120.1. Un marqueur est un compteur placé sur un objet ou un joueur qui modifie ses caractéristiques et/ou interagit avec une règle, une capacité ou un effet. Les marqueurs ne sont pas des objets et n'ont pas de caractéristiques. Notamment, un marqueur n'est pas un jeton, et un jeton n'est pas un marqueur. Les marqueurs ayant le même nom ou la même description sont interchangeable.

120.1a Un marqueur +X/+Y se trouvant sur un permanent, où X et Y sont des nombres, ajoute X à la force de ce permanent et Y à son endurance. De la même façon, les marqueurs -X/-Y réduisent la force et l'endurance. Voir règle 612.3.

120.1b Les nombre de marqueurs "loyauté" sur un planeswalker se trouvant sur le champ de bataille indique sa loyauté actuelle. Un planeswalker avec une loyauté de 0 est mis dans le cimetière de son propriétaire en tant qu'action basée sur un état. Voir règle 704.

120.1c. Si un joueur a dix marqueurs "poison" ou plus, il perd la partie en tant qu'effet basé sur un état. Voir règle 704.

120.2. Si un permanent a à la fois des marqueurs +1/+1 et des marqueurs -1/-1 sur lui, N marqueurs +1/+1 et N marqueurs -1/-1 sont retirés de ce permanent en tant qu'action basé sur un état, où N est le plus petit nombre entre le nombre de marqueurs +1/+1 et le nombre de marqueurs -1/-1 sur ce permanent. Voir règle 704.

120.3. Si un effet demande de "déplacer" un marqueur, il faut prendre ce marqueur sur l'objet sur lequel il se trouve et le mettre sur un autre objet. Si les deux objets sont le même objet, rien ne se passe. S'il n'y a pas de marqueur sur le premier objet, rien ne se passe ; aucun marqueur n'est ajouté sur le deuxième objet. Si le deuxième objet (ou tous les autres deuxième objet potentiels) ne sont plus dans la zone approprié lorsque l'effet devrait déplacer le marqueur, rien ne se passe ; le marqueur reste sur le premier objet.

120.4. Si un sort ou une capacité demande de "placer" un marqueur sur un permanent, cela signifie qu'il faut mettre un marqueur sur ce permanent, ou que ce permanent arrive sur le champ de bataille avec un marqueur sur lui.

La version originale officielle des règles a dit :

120. Counters

120.1. A counter is a marker placed on an object or player that modifies its characteristics and/or interacts with a rule, ability, or effect. Counters are not objects and have no characteristics. Notably, a counter is not a token, and a token is not a counter. Counters with the same name or description are interchangeable.

120.1a A +X/+Y counter on a permanent, where X and Y are numbers, adds X to that permanent's power and Y to that permanent's toughness. Similarly, -X/-Y counters subtract from power and toughness. See rule 612.3.

120.1b The number of loyalty counters on a planeswalker on the battlefield indicates how much loyalty it has. A planeswalker with 0 loyalty is put into its owner's graveyard as a state-based action. See rule 704.

120.1c. If a player has ten or more poison counters, he or she loses the game as a state-based action. See rule 704.

120.2. If a permanent has both a +1/+1 counter and a -1/-1 counter on it, N +1/+1 and N -1/-1 counters are removed from it as a state-based action, where N is the smaller of the number of +1/+1 and -1/-1 counters on it. See rule 704.

120.3. If an effect says to “move” a counter, it means to take that counter from the object it's currently on and put it onto a second object. If the first and second objects are the same object, nothing happens. If the first object has no counters, nothing happens; the second object doesn't get a counter put on it. If the second object (or any possible second objects) are no longer in the correct zone when the effect would move the counter, nothing happens; a counter isn't removed from the first object.

120.4. If a spell or ability refers to a counter being “placed” on a permanent, it means putting a counter on that permanent while it's on the battlefield, or that permanent entering the battlefield with a counter on it.